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除弊的立法使命很重要，但不能凌驾于兴利的立法使命之上。鉴于公司的旺盛生命力源于公司与股东自治，本着相信市场和商人的智慧、对公司和股东友善的理念，新《公司法》进一步扩张了公司与股东的自治空间，尊重公司与股东的自治、自由、民主和权利，大幅减少了行政权和国家意志对公司生活的不必要干预。从规范形式上看，提高了民事规范、任意规范、促成规范、赋权规范和保护规范的比重，审慎拟定了强制规范，适度减少了禁止规范。
新《公司法》在公司的设立、经营、治理乃至于公司解散清算等环节大胆放手鼓励公司与股东自治，扩张公司的商事权利能力与行为能力。而公司自治的主要手段是公司章程自治。新《公司法》允许公司及其股东对公司章程作出个性化设计。例如，第13条允许公司章程自由选择法定代表人由董事长、执行董事或经理担任。第16条对于公司向其他企业投资或者为他人提供担保的情况授权章程自由规定既可由董事会作出决议，也可以由股东会作出决议。
如，旧《公司法》第12条第2款规定了公司转投资的限制。该限制严重妨碍了许多公司的投资业务拓展，在实践中颇受企业界批评。许多公司面临着营利前景甚好的投资项目望洋兴叹。不少商人对于“百分之五十”的限制比例的立法理由及其妥当性表示疑问。而且，该条规定看似天衣无缝，实则不然。不少铤而走险的公司违反该规定而开展转投资活动，但公司登记机关难以及时掌握必要的信息，致使这些公司仍能顺利通过年检。为了鼓励冷暖自知的公司大胆开展投资活动，新《公司法》第15条彻底废除了转投资限制。
再如，旧《公司法》第41条和第177条第4项硬性要求按股东出资比例(持股比例)行使表决权和分配股利立法态度毫无变通余地。实践中，法院和仲裁机构对公司章程中一人一票的股东会表决方式、股东自愿不按出资比例分红的合法性亦存在不同认识，严重破坏了股东的投资预期和契约自由精神。新《公司法》将上述规定由强制规范转为倡导性规范。具体说来，第35条明确允许全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资；第167条第4款亦允许股份有限公司章程规定不按持股比例分配股利。
因此，有限责任公司章程可以基于公司的人合性约定，股东之间不按出资比例分取股利，出资90%的股东可分取60%股利，出资10%的股东可分取40%股利；也可约定有限责任公司股东一人一票的表决方式。此外，为减轻公司的财务负担，增强公司的竞争力，顺应我国社会保障体系的建立，新《公司法》废除了法定公益金制度。
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